Dois anos se passaram desde o ataque do CCG a Anteiku. Embora a atmosfera em Tóquio tenha mudado drasticamente devido ao aumento da influência do CCG, ghouls continuam a representar um problema, pois começaram a tomar cuidado, especialmente a organização terrorista Aogiri Tree, que reconhece a crescente ameaça do CCG à sua existência.